连接子优化新突破!解锁 PROTAC 靶向递送新可能

蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC)可以说是当下极具潜力的新型治疗方式,虽然活性表现亮眼,但目前已报道的分子普遍存在一个明显短板 ——组织特异性不够
大多数 PROTAC 都要靠招募 E3 连接酶来实现蛋白降解,而这类连接酶家族足足有 600 多个成员,在体内多种组织器官里都广泛表达。即便有些 PROTAC 能通过器官特异性 E3 连接酶,提升对特定细胞的选择性降解,可一旦全身给药,分布不均+潜在脱靶效应,还是会让正常组织里的目标蛋白被 “误杀”,进而引发毒性,大大压缩临床治疗空间。所以,靶向递送已经成了 PROTAC 走向临床的关键一步。
目前,科研人员也开发出了抗体偶联 PROTAC(DACs)来做靶向递送,可这条路同样不好走:分子不稳定、分子量偏大、肿瘤穿透性差等问题,都实实在在影响着治疗效果。
除了抗体,像叶酸、环肽这类小分子配体,在肿瘤成像和治疗里早就得到了临床验证。和抗体比起来,小分子配体结构更小巧,能让PROTAC兼具成本低、肿瘤穿透深、免疫耐受性好等优势。
图1 叶酸靶向的SMDC分子

基于叶酸、iRGD 等配体的小分子-降解剂偶联物(SMDC)也已经被开发出来。这类分子在体外能精准降解癌细胞里的目标蛋白,可一到体内,疗效就大打折扣。核心问题就出在连接键不稳定、体内半衰期太短,PROTAC 很难在肿瘤部位有效聚集,效果自然上不去。类似问题在不少小分子偶联药物里都很常见,比如叶酸偶联药 Vintafolide,就是因为这个原因止步 Ⅲ 期临床。

图2 Vintafolide分子结构及裂解机制

连接子作为 SMDC 的核心部分,需要在循环稳定性和肿瘤部位激活释放之间找到精准平衡。虽然 SMDC 的连接子设计和 DACs 有不少相似之处,但受小分子配体本身化学特性影响,还得额外考虑偶联方式、肾脏清除率、稳定性等关键问题,这部分也急需更系统的研究来优化。

近日,武汉大学的研究团队发表于JMC上的“Small Molecule-Degrader Conjugates: Evaluating theStructure-Activity Relationshipof Linkers to Overcome In VivoBarriers in PROTAC Delivery”探索了SMDC的连接子的结构-活性关系(SAR) 。他们选择cRGD((靶向肿瘤细胞高表达的 αvβ3 整合素)与高活性BRD4 PROTAC GNE-987(DC50=0.03 nM)构建SMDC,,通过四轮优化设计出兼具长循环、高稳定性、肿瘤精准释放的新型连接子,成功克服 PROTAC 体内递送的多重屏障,实现低剂量下的肿瘤生长抑制,为 PROTAC 的精准化、高效化递送提供了全新解决方案。

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连接子优化过程

SMDC1:碳酸酯二硫键连接子 —— 血清不稳定性初显
 
连接子设计:含二硫键的碳酸酯连接子
 
效果:虽能通过胞内二硫键还原实现 PROTAC 快速释放,且对肿瘤细胞具有 1000 倍的选择性,但碳酸酯键在小鼠血清中极易被水解,0.5 小时内即大量释放 PROTAC,无法满足体内循环需求。
SMDC2:氨基甲酸酯二硫键连接子 —— 提升血清稳定性
 
连接子设计:碳酸酯键替换为ADC中经典的氨基甲酸酯键,该键在临床中已被验证具有优异的体内稳定性。
效果:优化后 SMDC2 在小鼠血清中8小时仍保持 70% 以上的完整性,且对正常细胞的细胞毒性显著降低,靶向选择性进一步提升,解决了血清水解的核心问题

图3 SMDC1及SMDC2的结构

SMDC3:引入CBB延长子 —— 实现长循环与高肿瘤蓄积
 
连接子设计:针对小分子 SMDC 肾脏快速清除的问题,团队在SMDC2连接子的赖氨酸位点嫁接考马斯亮蓝(CBB) 白蛋白结合延长子。CBB可通过非共价作用与血清白蛋白结合,显著增大SMDC的表观分子量,减缓肾脏清除。
效果:优化后的SMDC3分子量仅3.3 kDa,却将体内半衰期从SMDC2 的 0.7 小时延长至10 小时,血液清除率降低约 70%;同时在 U87MG 肿瘤模型中实现 72 小时以上的持续蓄积,且未丧失肿瘤靶向性,在 αvβ3 整合素阳性肿瘤细胞中仍能高效降解 BRD4,对正常细胞则无明显毒性。

图4 SMDC3结构

SMDC4:组织蛋白酶响应 GGFG 连接子 —— 消除提前泄漏,实现精准释放
 
连接子设计:SMDC3 性能优异,但二硫键在长期循环中仍会因血清中的硫醇-二硫键交换发生非特异性断裂,导致约23%的 PROTAC 提前泄漏。团队进一步将二硫键替换为FDA 批准 ADC(DS-8201a)中的组织蛋白酶敏感 GGFG 四肽连接子,打造出最终版 SMDC4。
效果:GGFG 连接子在血清中具有极高稳定性,24 小时无明显降解,彻底解决药物提前泄漏问题;且仅在肿瘤细胞内被组织蛋白酶特异性切割,实现 PROTAC 的精准释放。虽因额外的酶切步骤,其体外DC50 略高于 SMDC3,但体内稳定性与释放可控性得到质的提升。

图5 SMDC4的结构

总的来说,这项研究厘清了 SMDC 连接子的核心设计思路:优先选血清稳定的化学键、加白蛋白结合基序拉长体内循环、用肿瘤特异性响应连接子实现精准释放,还巧妙平衡了长循环和肿瘤靶向性,为 PROTAC 靶向递送打造了全新技术范式,开发的连接子模块也很实用,能拓展到多种肿瘤靶点研究中,也为后续 SMDC 的研发和临床转化稳稳打下了基础!

参考文献:

Small Molecule–Degrader Conjugates: Evaluating the Structure–Activity Relationship of Linkers to Overcome In Vivo Barriers in PROTAC Delivery, Shiwei Song, Weina Jing, Lei Peng, Jiaqi Liu, and Wanyi Tai. Journal of Medicinal Chemistry 2025 68 (16), 17323-17338. DOI: 10.1021/acs.jmedchem.5c00862

Chen, H.; Liu, J.; Kaniskan, H. Ü.; Wei, W.; Jin, J. Folate-Guided Protein Degradation by Immunomodulatory Imide Drug-Based Molecular Glues and Proteolysis Targeting Chimeras. J. Med.Chem. 2021, 64 (16), 12273– 12285,  DOI: 10.1021

Dragovich, P. S.; Pillow, T. H.; Blake, R. A.; Sadowsky, J. D.; Adaligil, E.; Adhikari, P.; Bhakta, S.; Blaquiere, N.; Chen, J.; dela Cruz-Chuh, J.Antibody-Mediated Delivery of Chimeric BRD4 Degraders. Part 1: Exploration of Antibody Linker, Payload Loading, and Payload Molecular Properties. J. Med. Chem. 2021, 64 (5), 2534– 2575, DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c01845
Miletić, N.; Weckesser, J.;Mosler, T.;Rathore, R.;Hoffmann, M. E.;Gehrtz, P.;Schlesiger, S.;Hartung, I. V.;Berner, N.;Wilhelm, S.Workflow for E3 Ligase Ligand Validation for PROTAC Development.ACS Chem. Biol.2025,20(2),507–521,  DOI: 10.1021/acschembio.4c00812